堂本一辉是著名的钢琴演奏家,两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴,更斥资建造了堂本音乐厅,准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前,堂本音乐学院的学生相继死去,先是爆炸案,后是单个被杀。
风和日丽的一天,铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南(高山南配音)和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡,柯南锁定凶手果断展开追击,然而对方胆大非常,公然炸毁拦截他的警车,在重重包围中脱身而去。在此之后,FBI和日本警方组成联合调查总部,经朱蒂•斯泰琳(一城美由希配音)介绍得知,嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章,但是后来被战友指控违反交战原则,射杀了手无寸铁的平民,此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛,人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现,显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。
这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅,一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观,发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士,50名游戏体验者也多是他们的后代,新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写,也来到现场。这边热热闹闹,游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中,他利用优作的关系加入了体验者队伍,小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传,大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。
晴朗时节,江户川柯南(高山南配音)和毛利小五郎(小山力也配音)、小兰(山崎和佳奈配音)以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都,他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰,体验一把出海作战的感觉,期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海(柴咲幸配音)。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代,战舰上突然发现一条断掉的手臂,消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾,伺机盗取战舰上的绝密情报。
目暮警官、小兰的母亲妃英里、阿笠博士接连遭到不明身份之人的暗算。柯南追踪伤害阿笠博士的凶手,他根据几起案件现场留下的线索发现凶手按照扑克牌的顺序行凶,而且遇害者皆与毛利小五郎有关。目暮提供的线索初步揭开事情的真相,原来毛利当年任职警察的时候曾经逮捕犯下杀人罪的赌徒村上丈,当年也更因这一事件导致毛利离职以及婚姻变故。
知名建筑设计师森谷帝二这日邀请新一参加在他府上举办的茶会,柯南只得电话拜托小兰。柯南、小兰及毛利小五郎三人未入森府,已被绝对对称的宏伟建筑吸引。衣香鬓影的茶会上,森谷帝二令人诧异地大声攻击年轻设计师,讲建筑的美学准则要被他们破坏殆尽。柯南在规定时间内将他出给众宾客的难题破解,被获准和小兰一起参观陈有他设计图的展览馆,交谈中,他感慨30多岁初成名时的作品不够对称称不上完美,并从小兰口中打探到她要与新一在米花大楼约会为新一庆生的诸多细节。
青山重治(石桥凌饰)失去爱妻,多年后他将儿子抚养成人。生活解压,长久以来的独身孤寂促使他渴望寻找生命第二春。身为电视制作人的朋友吉川(国村隼饰)听后很乐意帮忙老友,专门为他策划一场选取女演员的视听会——实际是想在众多女孩当中莅选青山的心中佳人。青山看中一个曾练习芭蕾很久,但因伤失去成名机会的女孩山崎麻美(椎名英姬饰)。由于经历相似,两人在视听会上产生共鸣。之后日子里彼此数次约会,感情融洽,一切看似美好,但在一夜欢愉过后,麻美突然从青山身边消失。青山疯狂地四下寻找,但在寻找的过程中也惊恐地发现麻美一些不为人知的过去。终于两人再次重逢,但一切却变得紧张恐怖起来。
不打官司好多年的哈佛大学法律系知名教授PaulArmstrong(SeanConnery)这日收到一封鸣冤信:佛罗里达州一名女孩被人绑架谋杀,警方将黑人大学生Bobby(BlairUnderwood)视作凶手,并在缉拿后严刑逼供令其签字画押,前途光明的年轻人只因是黑人变作死囚。
林肯(伊万•麦克格雷格EwanMcGregor饰)和乔丹(斯嘉丽•约翰逊ScarlettJohansson饰)以为他们生活在一个与世隔绝的社区里。据科学家说,他们是地球最后一批存活的人类。而在他们这个群体里面,将会抽签决定人选,派去一个世外桃源的小岛上面生活。然而在没选中之前,他们得忍受没有自由、备受监管的生活。